Gregory (吕良伟饰) 是个Y2K专家，在他蔽荫下弟弟Peter(郭富城饰)生活完全无忧，一味沉浸在电脑世界，像个长不大的小孩。他的学识、经济收入、娱乐、他的宠物，无不源自电脑。电脑令他显得高人一等，任何事在他心目中也变得轻而易举。没想到，当公元2000年来临，世界全变了样！
　　有一天，只能在电影中才可看到的特种部队突然闯入他家，哥哥Gregory惨死，美国CIA的Kelvin (连凯饰)、香港政治部的Ronald(吴镇宇饰)、神秘人Eric(赖兴祥饰)均在此刻出现。原来Gregory上司乘坐的航机突然被飞弹击毁， CIA怀疑Gregory所属的新加坡软件公司，曾参与编写战略用的软件炸弹，结果遭对方灭口，于是引发美加政府彼此的不信任。
　　Gregory的死令Peter变得成熟，他开始从别人角度思考问题，包括怀疑CIA、Eric，以及突然出现自称是Gregory未婚妻的Salina(郭妃丽饰)。Salina指出Gregory涉及惊天大阴谋，Peter不予理会，他相信Gregory是个好人，有责任还他清白，决定与Janet、死党Benny(吴彦祖饰)及Salina(蔡乐芝饰)飞往新加坡。Benny拿出Notebook来，发现Gregory出事前曾Download了二个不同版本的Y2K除虫程式。这份Y2K除虫程式码曾遭恶意修改，威力足以随时操控国防电脑，众人愕然……